脂肪肝的时候，一般并不会引起明显的甲胎蛋白增高。这是因为脂肪肝的时候一般都不会伴有明显的肝损害，大多都是单纯性的脂肪肝。
如果伴随着肝损害，那么就叫做脂肪性肝炎，这时如果肝功能中的谷丙转氨酶和谷草转氨酶比较高，肝细胞有明显损伤，这时肝细胞要进行修复，有一些新生的肝细胞会长出来，并代替以前的损伤的肝细胞，就可能出现甲胎蛋白轻微的升高，但一般来说并不会高的太明显。
经过治疗，随着肝功好转，这个值一般会逐渐的降到正常。如果脂肪肝的时候肝功无异常，甲胎蛋白持续维持在一个高值，且进行性升高，这种情况下就不能够考虑肝脏再生了，而是应该考虑肝脏恶性**，应该做肝脏的彩超或者肝脏的强化CT，来明确有没有肝癌。
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